源流一秦出自嬴姓和姚姓。根据《姓撰》的记载，秦姓是颛顼帝高阳氏的直系后裔，秦姓源于嬴姓和姚姓，是出自颛顼帝高阳氏的后裔理徵和舜帝姚姓的后代结合的后代，颛顼和舜帝后代：伯益是颛顼的裔孙。舜帝时候，伯益因帮禹治水有功，又为舜驯服鸟兽，被舜赐姓嬴氏，嬴姓出现因为舜帝的赐姓给他的女婿伯益姓为嬴，还把自己的姚姓的女儿嫁给他伯益。舜帝，姚姓，其后代就以姚为姓。伯益后裔非子的封地秦国，属于以国名为氏。
秦始建国于雍（今陕西凤翔），其后，国都多次迁徙，先后迁脚邑（今陕西洛川）、平阳邑（今陕西宝鸡）、雍（今陕西凤翔）、栎阳县（今陕西临潼）等地。后来，秦穆公横扫十二国，在西戎初步建立起霸业。但因战国初期经济较落后，又常发生内乱，国力逐渐衰落，被魏国攻取了河西一带（今北洛水和黄河之间）。秦孝公时任用商鞅进行变法，国力逐渐增强，并迁都咸阳（今陕西咸阳），成为战国七雄之首。秦惠王时击败魏国，再振雄风，最终夺回河西，并一鼓作气，
开疆辟土攻灭巴蜀之国，夺取楚国的汉中。秦昭王更是不断攻城掠地，使得魏、韩、赵、楚等国元气大伤。公元前227年秦王政纵横捭阖，吞并四方，最终灭掉六国，统一天下，建立了中国历史上第一个大一统王朝。秦王政认为自己功高“三皇五帝”，故自称“始皇帝”。秦始皇建都咸阳，进一步统一了东南、西南地区。秦朝传了两代十二年，由于施政苛暴，于公元前206年被起义军推翻，而代之以西汉王朝。秦王子婴被项羽所杀。秦灭后，王族子孙遂以国名为姓氏，称为秦氏。这便是陕西秦氏，伯益从而也就成了秦姓的得姓始祖。
源流二
源于姬姓。周文王后代鲁国侯伯禽裔孙的封地秦邑，属于以居邑名为氏。周武王时，其弟周公旦被封鲁（今山东曲阜）称鲁公。鲁公后因辅佐周王留在了周都，儿子伯禽接封鲁国，其裔孙中有一支食邑于秦（今河南范县旧城）。后以邑为氏。源于姬姓的秦姓就是由周文王的别子周公旦之非嫡长后裔所开启，其承继并系如下：
据史籍《古今姓氏书辨证》记载，周武王在位时，把少暤（昊）之墟曲阜（今山东曲阜东北古城）赐分给他的弟弟周公旦，封他为鲁公。后来因周武王逝世时周成王尚年幼，不具独立执政之能力，于是周公旦为了辅佐成王，就让他的儿子伯禽（禽父）前去封地鲁国（今山东西南部，建都曲阜）。伯禽出发前，周公曾告诫他说：“我虽然是周文王的儿子，周武王的弟弟，周成王的叔父，说起来应该是地位显赫的，但我依然害怕怠慢天下有贤之士，往往一沐三捉发，一饭三吐哺。你现在去鲁国，一定要谨慎，不能因为是王室之后而骄躁。”伯禽到鲁国后，在周公的指点下，尽心治理，且在平叛“三监之乱”中起了重要的作用。鲁国呈现一派政清居安的景象。伯禽的裔孙以公族为大夫，食采于秦邑（今河南范县旧城），其后人有以邑为姓者，称秦氏，郡望在太原郡。多数的史籍记载认为伯禽的后裔所开启的秦姓为秦姓正宗。如鲁国的秦非、燕国的秦开、楚国的秦商，均为鲁国秦氏后裔。这便是河南或山东秦氏之源。按鲁有秦堇父，其子秦丕兹，拜孔子为师。秦周、秦遗，盖秦子之族。又，秦巡之妻秦姬为季公鸟季氏，鲁公族之妹，依当时同姓不婚之礼考之，而鲁为周礼所在之国，则秦氏非姬姓，于鲁为异姓大夫。
源流三
外族改姓。源于巴尔虎旗蒙古穆奇德氏，属于汉化改姓为氏。穆奇德氏祖上穆奇德·罗拔伙世居辽阳，隶属巴尔虎旗蒙古。巴尔虎旗蒙古原居喀尔喀地区，因遭受葛尔丹部族的迫害，率巴尔虎族万余人南下，游牧于今张家口一带。康熙三十一年（公元1692年）经清廷准议，全族移驻盛京（今辽宁沈阳北部），其中一部分族人驻守丹东凤凰城、岫岩等地并独竖一旗，称蒙古九旗。清乾隆年间至凤凰城葛藤峪定居，后又迁居凤城镇，取汉字“秦”为氏。
金朝抹捻氏以及清朝穆颜氏，后有改为秦氏者。
另有各少数民族与汉族通婚繁衍，成为秦姓一支。
另外出自舜七支有秦不虚，后人沿续下来姓秦，属于以先祖名字为氏；据史籍《群辅录》记载：“舜七友之一有秦不虚，曾并为雷泽之游一”。又据《大姓源流》等有关资料所载，舜七支有秦不虚，后人沿续下来姓秦。这说明上古帝舜时期已有秦姓。但因秦不虚之后无世系资料可考，所以，唐宋时期的谱牒学家对秦姓的起源又有以国为氏和邑为氏之说。
源流四
源于外夷。出自古代大秦人（即罗马帝国）来华，属于汉化改姓为氏。据史籍《后汉书》中记载：大秦“西海环其国，惟西北通陆道”，且“东西南北名数千里。有城四百余所。土中多金银奇宝，有夜光璧、明月珠、骇鸡犀、火浣布、珊瑚、琥珀、琉璃、琅玕、朱丹、青碧、珍怪之物”。另外一些地理类或野史杂记中，也多载大秦产珍奇异物之语。中国史籍所言的大秦其实指罗马帝国。通过丝绸之路，中国古代与大秦在经济、文化等诸多方面加强了交流。东汉和帝永元九年（公元97年）班超奉命以甘英为使者，出使大秦。甘英一行从龟兹（今新疆库车）出发，经条支（今伊拉克）、安息（今伊朗）等国，至安息西界的波斯湾后，因海上天气剧变，浊浪滔天，难以行船未能到达大秦。公元166年大秦皇帝曾遣使带着许多礼物来到中国。晋武帝时大秦国再次遣使者来中国通好。在以后的诸代，中国与大秦国的交往更加密切，如唐朝的大秦景教流行中国碑的发现，更是名证。大秦人或出使、或经商来到中国后，多因中国物饶民丰、山川秀美、文化高度发达而愿居留，不愿再回去。这些人依从汉人的风俗习惯，便以“秦”为姓。从此，子子孙孙一代代繁衍在中国。这些人就成为了秦姓的始祖之一。如三国时的商人秦纶等。古时西域及欧洲多称中国为秦，后来西方国家称中国为“支那”，即“秦”音的变化。
源流五
源于蒙古族，属于汉化改姓为氏。据史籍《清朝通志·氏族略·蒙古八旗姓》、《清朝通志·氏族略·附载蒙古八旗姓》记载：
⑴。蒙古族乞颜氏，为蒙古族最古老的部落名称，世居蒙古高原斡难河流域，史称蒙古部核心，其部族后裔的代表人物即成吉思汗。蒙古族乞颜氏，在元朝时期即冠以汉姓为秦氏、齐氏、祁氏、陈氏等。
⑵。蒙古族鄂秦氏，世居叶赫（今吉林梨树）。后有满族引为姓氏者，满语为Ecin Hala，后多冠汉姓为秦氏、鄂氏。
⑶。蒙古族墨尔奇特氏，亦称穆奇德氏，源出元朝时期蒙古七十二姓中的“灭里吉歹氏”，后为巴尔虎蒙古姓氏，始祖为穆奇德·罗拔伙，世居扎鲁特，后迁辽阳。巴尔虎旗蒙古原居喀尔喀地区，后因遭受葛尔丹部族的多次迫害，遂率巴尔虎蒙古族万余族人南下，游牧于今张家口一带。清康熙三十一年（公元1692年），经满清朝廷准议，全族移驻盛京（今辽宁沈阳），其中一部分族人驻守丹东凤凰城、岫岩等地并独竖一旗，自称为“蒙古九旗”。到了清乾隆年间，“蒙古九旗”族人迁至凤凰城葛藤峪定居，后又迁居于凤城镇，多冠汉姓为秦氏、穆氏、孟氏等。
⑷。蒙古族墨尔秦氏，亦称墨勒齐氏，世居台罕（今内蒙古科尔沁罕乌拉高格斯台自然保护区）。后有满族引为姓氏者，满语为Morcin Hala。蒙古族、满族墨尔秦氏，在清朝中叶以后多冠汉姓为秦氏、莫氏、齐氏等。
⑸。蒙古族扎哩特氏，亦称查礼特氏、扎勒楚特氏、札拉楚特氏，世居乌喇特（今内蒙古兴安盟）。后有满族、达斡尔族引为姓氏者，满语为Jarit Hala。蒙古族、满族、达斡尔族扎哩特氏，在清朝中叶以后多冠汉姓为秦氏、陶氏。
源流六
源于满族，属于汉化改姓为氏。据史籍《清朝通志·氏族略·满洲八旗姓》记载：
⑴。满族绰克秦氏：亦称察克钦氏，满语为Cokcin Hala，汉义“壤”，世居白尔昆、绰克秦（皆在今内蒙古阿鲁科尔沁），以地为氏。清朝中叶以后多冠汉姓为秦氏、初氏。
⑵。满族多秦氏，亦称多锦氏，满语为Docin Hala，世居黑龙江。清朝中叶以后多冠汉姓为秦氏、多氏。
⑶。满族瑚鼎氏，满语为Huding Hala，世居和罗山秦（今俄罗斯霍尔河流域南岸）。清朝晚期以后有冠汉姓为秦氏、胡氏者。
⑷。满族穆颜氏，亦称穆延氏，源出辽国时期五国部之一的抹拈部（抹捻部），以部为姓，满语为Muyan Hala，是满族最古老的姓氏之一，世居浑春（今吉林珲春），清朝中叶以后多冠汉姓为秦氏、孟氏、穆氏等。
源流七
源于达斡尔族，出自清朝时期达斡尔族克音部落，属于以部落名称汉化改姓为氏。据史籍《清朝通志·氏族略·满洲八旗姓》记载：
达斡尔族克音氏，是达斡尔族的着姓之一，世居黑龙江克音（今黑龙江下游右岸俄罗斯境内科奇河流域）、济沁（今内蒙古扎兰屯济沁河）。后有满族引为姓氏者，满语为Kein Hala。达斡尔族、满族克音氏，在清朝晚期以后多冠汉姓为秦氏、何氏等。
源流八
源于姚姓，出自舜帝七友之一的秦不虚，属于以先祖名字为氏。舜，姚姓，有虞氏，名重华，史称虞舜。舜帝有七个非常要好的朋友，史称“帝舜七友”，分别是：秦不虚、东不訾、雄陶、方回、续牙、伯阳、灵甫。据史籍《群辅录》记载：“舜七友之一有秦不虚，曾并为雷泽之游一。”在史籍《大姓源流》等史籍中也记载：“舜七友有秦不虚，后人沿续姓秦。”
上古帝舜执政时期便已有秦氏一族。但因秦不虚之后无世系资料可考，所以，唐、宋时期的谱牒学家对秦氏的起源又有以国为氏和邑为氏之说。
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